El CIMAT a través de su personal Científico y Tecnológico trabaja en el desarrollo de proyectos que nacen como iniciativa del CONACYT, en las siguientes modalidades:

• Proyectos Fondo Mixto (Fomix)
• Proyectos Sectoriales
• Proyectos de Estímulos a la Innovación (PEI)

Los proyectos fomix apoyan el desarrollo científico y tecnológico estatal y municipal.

Los proyectos sectoriales son fideicomisos que las dependencias y entidades constituyen para destinar recursos para la investigación científica y el desarrollo tecnológico.

Los proyectos de estímulos a la innovación (PEI) incentivan a las empresas mexicanas inscritas en el Registro Nacional de Instituciones y Empresas Científicas y Tecnológicas (RENIECYT), para que realicen actividades de investigación, Desarrollo Tecnológico e Innovación (IDTI) en el país.