El principal Órgano de Gobierno del CIMAT está formado por una Asamblea General, el Consejo Directivo, los miembros de la Asociación y un órgano de vigilancia. Se integra de la siguiente manera:
ASAMBLEA GENERAL
Presidencia CONAHCYT
Secretario Técnico CONAHCYT
Asociados
I. Gobierno Federal, representado por El Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología
II. Secretaría de Educación Pública
III. Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática
IV. Centro de Investigación y Docencia Económicas, A.C.
V. Gobierno del Estado de Guanajuato
VI. Gobierno del Estado de Aguascalientes
VII. Universidad Nacional Autónoma de México
VIII. Universidad de Guanajuato
IX. Secretaría de Hacienda y Crédito Público
X. Secretaría de Economía
XI. Instituto Nacional de Astrofísica, Óptica y Electrónica.
Órgano de Vigilancia
Secretaría de la Función Pública
Titular de la entidad
Dr. Rafael Herrera Guzmán (Director General)
Coordinador Administrativo y Prosecretario
C.P. Martín Corona Méndez
CONSEJO DIRECTIVO
Presidencia CONAHCYT
Secretario Técnico CONAHCYT
Integrantes
I. Director General del CONAHCYT
II. Secretaría de Educación Pública
III. Secretaría de Hacienda y Crédito Público
IV. Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática
V. Instituto Mexicano del Petróleo
VI. Coordinación de Estrategia Digital Nacional
VII. Centro de Investigación y Docencia Económicas
VIII. Instituto Politécnico Nacional
IX. Gobierno del Estado de Guanajuato
X. Gobierno del Estado de Aguascalientes
XI. Universidad Nacional Autónoma de México
XII. Universidad de Guanajuato
XIII. Consejero a título personal, INFOTEC
Órgano de Vigilancia
Secretaría de la Función Pública
Titular de la entidad
Dr. Rafael Herrera Guzmán (Director General)
Coordinador Administrativo y Prosecretario
C.P. Martín Corona Méndez
