El principal Órgano de Gobierno del CIMAT está formado por una Asamblea General, el Consejo Directivo, los miembros de la Asociación y un órgano de vigilancia. Se integra de la siguiente manera:

ÓRGANO DE GOBIERNO

I. La persona titular de la Dirección General del Consejo Nacional o una persona que la represente, quien presidirá el Órgano de Gobierno;
II. Una persona representante de la Secretaría de Educación Pública;
III. Una persona representante de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público;
IV. Un representante de la Secretaría de la Función Pública en su carácter de Comisaria;
V. Un representante del Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática;
VI. Un representante del Instituto Mexicano del Petróleo;
VII. La Coordinación de Estrategia Digital Nacional o quien designe la persona titular del Ejecutivo Federal a través del Consejo Nacional de Humanidades, Ciencias y Tecnologías;
VIII. Un representante del Centro de Investigación y Docencia Económicas;
IX. Un representante del Instituto Politécnico Nacional;
X. Un representante del Gobierno del Estado de Guanajuato;
XI. Un representante del Gobierno del Estado de Aguascalientes;
XII. Un representante de la Universidad Nacional Autónoma de México;
XIII. Un representante de la Universidad de Guanajuato, y
XIV. Hasta dos personas designadas por invitación de la persona titular de la Dirección General del Consejo Nacional.

Titular de la Dirección General del CIMAT
Dr. Rafael Herrera Guzmán

Persona Secretaria y Prosecretaria,
Propuestos por la persona titular de la Presidencia del Órgano de Gobierno y por la persona titular de la Dirección General

ASAMBLEA GENERAL

Presidencia CONAHCYT
Secretario Técnico CONAHCYT

Asociados