El principal Órgano de Gobierno del CIMAT está formado por una Asamblea General, el Consejo Directivo, los miembros de la Asociación y un órgano de vigilancia. Se integra de la siguiente manera:
ASAMBLEA GENERAL
Presidencia CONACYT
Secretario Técnico CONACYT
Asociados
SEP
INEGI
CIDE
Gobierno del Estado de Guanajuato
Gobierno del Estado de Aguascalientes
UNAM
Universidad de Guanajuato
Órgano de Vigilancia
Secretaría de la Función Pública
Titular de la entidad
Dr. Rafael Herrera Guzmán (Director General)
Director Administrativo y Prosecretario
CONSEJO DIRECTIVO
Presidencia CONACYT
Secretario Técnico CONACYT
Integrantes
SEP
SHCP
INEGI
IMP
CENAM
CIDE
CINVESTAV
Gobierno del Estado de Guanajuato
Gobierno del Estado de Aguascalientes
UNAM
Universidad de Guanajuato
Secretaría de la Función Pública