El Cimat está organizado con base en tres áreas principales y otras áreas complementarias.

Las tres áreas de investigación mantienen estrechas relaciones de colaboración con investigadores y departamentos homólogos en instituciones nacionales e internacionales, lo que favorece, entre otras cosas, la generación de conocimiento científico y su publicación en coautorías, la presencia de reconocidos investigadores en visitas y estancias académicas en CIMAT y la organización de eventos académicos regulares.

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